東南大學醫學院前身為創建于1935年的中央大學醫學院，其后歷經南京大學醫學院、中國人民解放軍第五軍醫大學、南京鐵道醫學院等重要時期，2000年4月并入東南大學。經過幾代人的奮斗，醫學院現已發展成為東南大學培養醫學與生命科學精英人才的重要基地。學院培養了一大批科學家、教育家及各行各業的杰出人才，他們為祖國的醫學與生命科學教育和醫藥衛生事業作出了巨大貢獻，其中，中國科學院院士賀林、楊煥明、樊嘉為學院八十年代培養的畢業生。

2012 年，我校獲批為全國第一批卓越醫生教育培養計劃項目試點高校，承擔了拔尖創新醫學人才培養模式改革試點和五年制臨床醫學人才培養模式改革試點兩個項目，2016年順利通過教育部臨床醫學專業認證。作為教育部重點建設綜合性大學的醫學院，堅持精英教育和培養卓越醫師的理念，遵循醫學和生命科學人才培養的規律，以一流的理論教學和臨床實習條件，多層次的國際化學習環境，致力于培養具有扎實醫學和生命科學基礎，有國際化視野和人文情懷的創新型醫學與生命科學專業人才。

學院擁有一支以學術造詣較深的專家教授為龍頭、中青年骨干教師為主體、結構優良的教學科研隊伍。有一大批從國外歸來或引進的年富力強的學科帶頭人和獲國內著名高校博士學位的中青年骨干教師?，F有“長江學者獎勵計劃”特聘教授1名；國家杰出青年基金獲得者4名；國家自然科學基金優秀青年基金獲得者1名；國家“973”首席科學家2名；教育部新世紀優秀人才8名；江蘇省特聘教授2名；江蘇省“333”工程和“青藍工程”學術帶頭人和優秀骨干教師30多名；國家、省部級“有突出貢獻”的中青年專家多名。教師中有高級職稱300多人，其中博士生導師70余人，碩士生導師200多人，有20多人次分別擔任全國及省部級醫學雜志的主編、副主編及編委等職務，20多人次擔任各類中華醫學會各專業學會主委、副主委和委員等（如中華醫學會重癥醫學專業委員會主委邱海波、中華醫學會放射學會副主委滕皋軍等）。聘請了包括多名院士在內的國內外著名專家30多人為兼職教授。目前全日制在校生2200人，其中本科生1300人，碩士生700人，博士生200人。2006年我院首開東南大學整建制招收學位留學生先河，當年招收MBBS臨床醫學留學生60人，現有在校留學生400余人。

醫學院擁有基礎醫學、臨床醫學、臨床醫學專業博士3個一級學科博士授權點，臨床醫學為省級重點學科，醫學技術為省優勢學科。目前臨床醫學、生物學與生物化學、藥理學與毒理學、神經科學與行為科學等4個學科已進入ESI全球前1%。各學科經過長期積累，圍繞醫學影像、放射介入、重癥醫學、腎臟病學、腫瘤、神經精神疾病、器官纖維化等已經形成特色鮮明的重點研究方向，在國內具有重要影響力。

學院的研究工作以轉化醫學為特色、醫工結合，開展多層次、多方位交叉研究，取得了豐碩的成果。近年來獲得國家“973”牽頭項目2項（首席），國家重點研發計劃牽頭項目2項、“國家杰出青年基金”項目4項，國家“973”二級課題、“863”計劃10余項，國家自然科學基金重點項目、重大國際合作項目、面上項目150余項，省部級項目100余項。近三年獲得國家科技進步二等獎1項，中華醫學一等獎1項，教育部自然科學/科技進步一等獎3項，江蘇省科技進步獎10項。近三年發表SCI論文300余篇，申請并獲得授權專利30多項。

學院國際化教育走在前列，先后與美國、德國、法國、英國、瑞典等多家國際著名醫學機構和大學建立了穩定的教學、科研合作關系。學院特別重視在國際合作環境中培養具有國際視野的優秀學生，每年約近20%的學生有機會到國外著名醫院進行為期1-3個月的臨床實習和游學交流。2013年獲得國家留學基金委資助公派本科生出國實習及研學項目,每年選派10名本科同學赴德國漢堡大學、慕尼黑工業大學和瑞典烏普薩拉大學進行為期3-6個月的臨床實習或畢業設計。

2016年“中德臨床醫學專業學位人才培養項目”獲國家留學基金委研究生創新人才培養項目資助，每年選派10名臨床醫學專業學位碩士畢業生，赴德國漢堡大學和烏爾姆大學攻讀博士學位，“中瑞合作雙博士學位臨床醫學拔尖創新人才培養試點”項目于2018年獲批準資助，每年選派5名學生赴瑞典烏普薩拉大學，通過中瑞合作，獲中方瑞方雙學位博士。目前我院共有來自美國、新西蘭、印度、巴基斯坦、也門、布隆迪、尼日利亞、喀麥隆等40個國家的400多名留學生，就讀本科與研究生。學院已形成了從本科生、碩士生、博士生、博士后到留學生的一整套人才培養體系。近年來我院每年有30名左右本科生和研究生獲得國家留學基金委資助赴國外一流大學攻讀博士、碩士學位，其中包括美國哈佛大學、耶魯大學、哥倫比亞大學、斯坦福大學、約翰霍普金斯、倫敦帝國理工學院、多倫多大學、德國慕尼黑工業大學等世界一流名校進行深造。

醫學院以精英教育的理念，實行一體化培養，配備學習型和研究型導師，發揚優良辦學傳統，充分利用綜合性大學理、工、醫、文、經管等多學科交叉和教學科研資源優勢，著力培養基礎扎實、知識面寬、能力強、素質高、適應現代醫學與生命科學發展和社會需求的高層次、高素質臨床醫學與生命科學方面的精英人才和領軍人物。2016年，由學院本科生組成的代表隊獲得第七屆全國高等醫學院校大學生臨床技能競賽華東分區賽團體特等獎和第七屆全國高等醫學院校大學生臨床技能競賽總決賽團體二等獎； 2013年獲得第十三屆大學生“挑戰杯”特等獎，2014年獲“創青春”全國大學生創業大賽公益創業類全國銀獎，2016年獲“創青春”全國大學生創業大賽公益創業類全國金獎兩項。近年來研究生就業率99.5%，本科生就業率98.9%，非七年制學生讀研率為34%，一大批優秀本科生被免試保送到北京協和醫學院、北京大學、解放軍總醫院、復旦大學、北京師范大學、上海交通大學、浙江大學、中科院等國內著名高校、醫療單位讀研，七年制優秀學生有機會享受國家公派留學項目到國外大學攻讀博士學位。