目前，醫院已經形成了“一院三區多門診”的發展格局，分別是總院、撫生院區、紅谷灘分院和陽明路門診部。其中，總院位于繁華的老城區中心地帶的八一大道和福州路交匯處，地鐵２號線旁。撫生院區攬江入勝，位于風光迤邐的贛江江濱，是醫院的新院區。醫院各院區和門診部均有地鐵直達（2號線直達總院和陽明路門診部，4號線直達撫生院區，1號線直達紅谷灘分院）。

醫院歷史悠久，底蘊深厚。醫院的前身是1954年5月創立的江西省中醫實驗院。1957年，醫院劃歸江西醫學院，更名為江西醫學院附屬中醫實驗院。1959年，江西中醫學院成立，經江西省人民委員會批準，在中醫實驗院的院址興建江西中醫學院附屬醫院，定院名為江西省中醫院（江西省中醫院的院名沿用至今），是全國最早一批省級中醫醫院。1962年，經過三年多的建設，江西省中醫院正式開業接診。1966年，醫院更名為江西中醫學院附屬醫院。1970年，因江西中醫學院被合并，醫院也劃歸江西醫科大學領導，更名為江西醫科大學附屬中醫院。1973年，江西中醫學院恢復辦學，醫院重新劃歸江西中醫學院領導，更名為江西中醫學院附屬中醫院。1990年，醫院再次更名為江西中醫學院附屬醫院。2003年，醫院增掛江西省骨傷醫院牌子。2013年5月，江西中醫學院更名為江西中醫藥大學，醫院也隨之更名為江西中醫藥大學附屬醫院。

醫院先后獲得“全國醫藥衛生系統先進集體”、“全國衛生系統行風建設先進集體”、“全國中醫藥應急工作先進集體”、“全省先進基層黨組織”、“全省醫藥衛生系統先進集體”、“江西省群眾滿意醫院”、“南昌市民最滿意醫院”、“江西省百姓健康服務十佳醫療單位”、“江西省平安醫院”、“江西省教育系統節能考核先進單位”等數十項榮譽稱號。

醫院科研平臺建設成果豐碩。擁有國家中醫藥管理局腧穴熱敏化三級實驗室、國家中醫藥管理局熱敏灸重點研究室、南方毒蛇咬傷研究中心、南方血吸蟲肝病中醫研究中心、江西省中西醫結合臨床醫學研究院、江西省2011協同創新中心、江西省中醫心血管疾病臨床醫學研究中心、江西省熱敏灸臨床醫學研究中心、江西省肺系疾病臨床醫學研究中心和江西省中醫婦產科疾病臨床醫學研究中心等省部級科研平臺12個。

醫院科研成就喜人。近年來先后獲批國家重點基礎研究發展計劃（973計劃）、國家自然基金、國家科技支撐、國家中醫藥管理局行業專項、江西省自然基金等國家級、省部級科研課題百余項。醫院先后獲得國家科技進步二等獎2項。江西省科技進步一等獎2項、二等獎3項、三等獎6項。醫院原創發明的熱敏灸技術，成功奠定了“南看江西灸”的格局。醫院創辦了江西熱敏灸醫院，并組建江西中醫康復（熱敏灸）聯盟，并在葡萄牙、瑞典、突尼斯、山東棗莊、湖北蘄春等設有熱敏灸分院。

近年來，醫院秉承“精誠為醫、厚德為人”院訓精神，突出“用心溝通、貼心服務”服務理念，不斷改善辦院條件、完善就醫流程、提高服務能力、改善群眾就醫體驗，大力加強干部隊伍建設，全面推進信息化建設，加強醫院文化建設，擴大對外交流合作，醫院綜合實力顯著增強。

黨的十九大報告指出，“堅持中西醫并重，傳承發展中醫藥事業”。醫院全面貫徹落實黨的十九大精神和全國、全省衛生和健康大會精神，牢牢抓住中醫藥振興發展的重大機遇，始終堅持以中醫藥為主體的辦院方向，持續改善辦院條件，強化內涵建設，推進改革創新，努力把醫院建設成為國內一流的研究型中醫醫院，在“健康中國”、“中醫藥強省”戰略中做出更大貢獻。